1064 - You have an error in your SQL syntax en Joomla 1.6!

Este maldito error me tuvo entretenido unas 4 horas. No daba con la tecla ya que tenía codificado el Notepad++ en UTF8.
El caso es que ha de ser UTF8 sin BOM.

¿Qué es una firma UTF-8 (BOM)?
Algunas aplicaciones introducen una combinación de bytes en particular al principio de un archivo, para indicar que el texto incluido en el archivo es Unicode. Esta combinación de bytes se conoce como firma o marca de orden de bytes (Byte Order Mark, BOM). Algunas aplicaciones, como un editor de texto o un explorador, muestran la BOM como una línea adicional en el archivo, en tanto que otros muestran caracteres inesperados, como .

Consulte el panel lateral para obtener información más detallada acerca de la BOM.

Fuente: http://www.w3.org/International/questions/qa-utf8-bom.es.php

Bien pues esos bytes, son los que le molestan a joomla para ejecutar el archivo en la base de datos.

Así de simple y así de tonto.